# Options: -minidentity 80 -l 20 -extendxdrop -ii at1MB -q /local/kurtz/genometools/testsuite/../testdata/U89959_genomic.fas -outfmt alignment=70 polinfo -verify-alignment -history 60
# Fields: s. len, s. seqnum, s. start, strand, q. len, q. seqnum, q. start, score, editdist, % identity
23 859 207 F 23 0 17268 46 0 100.00
Sbjct  207    catatatatatatatatatatat  229
              |||||||||||||||||||||||
Query  17268  catatatatatatatatatatat  17290

23 859 208 F 24 0 17266 44 1 95.74
Sbjct  208    at-atatatatatatatatatata  230
              || |||||||||||||||||||||
Query  17266  atcatatatatatatatatatata  17289

# polishing(m=400,d=-600,p=30): 24/24, seed_on_end
20 859 208 F 20 0 17271 40 0 100.00
Sbjct  208    atatatatatatatatatat  227
              ||||||||||||||||||||
Query  17271  atatatatatatatatatat  17290

29 561 415 F 29 0 71281 55 1 96.55
Sbjct  415    tcatcatcatcatcatcatcatcatacat  443
              |||||||||||||||||||||||||| ||
Query  71281  tcatcatcatcatcatcatcatcatatat  71309

# polishing(m=400,d=-600,p=30): 29/29
333 1265 0 F 330 0 72423 612 17 94.87
Sbjct  0      ccttagangg-tgggaaattgcatgagtttggcacatcccttnttctnncggatttnggatcnnagtatg  68
              ||||||| || ||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||  ||||||| ||| |  ||||||
Query  72423  ccttagaaggatgggaaa-tgcatgagtgtggcacatcccttcttctctcggattt-gga-ccaagtatg  72489

Sbjct  69     ggaagccctgtctcagcctnngcttccagcntctcctccttccacatcnttaaaactccaaccttggaag  138
              ||||| ||||||||||||   ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Query  72490  ggaag-cctgtctcagccacggcttccagcctctcctccttccacatcattaaaactccaaccttggaag  72558

Sbjct  139    attttaggagaatgagagcgacacgctctgtgcttcttttccttatgatccagctcttccacgcacaaat  208
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query  72559  attttaggagaatgagagcgacacgctctgtgcttcttttccttatgatccagctcttccacgcacaaat  72628

Sbjct  209    gaactatgaaacatatataaagcgcacacatatatttatgcatatcaagcttttggtgattatggtattg  278
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query  72629  gaactatgaaacatatataaagcgcacacatatatttatgcatatcaagcttttggtgattatggtattg  72698

Sbjct  279    atagagtcaaattaagctcggtgactatggtattaataagagtactatttcctt  332
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query  72699  atagagtcaaattaagctcggtgactatggtattaataagagtactatttcctt  72752

# polishing(m=400,d=-600,p=30): 64/64, seed_on_end
78 859 0 F 81 0 72588 129 10 87.42
Sbjct  0      gtgcttnttttccttatgatccagctcttccacgcncncatgaactatgaaacatatataangcgcncnc  69
              |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||| |||| | |
Query  72588  gtgcttcttttccttatgatccagctcttccacgcacaaatgaactatgaaacatatataaagcgcacac  72657

Sbjct  70     at-t-tt-atg  77
              || | || |||
Query  72658  atatatttatg  72668

# polishing(m=400,d=-600,p=30): 64/64, seed_on_start
78 859 0 F 81 0 72588 129 10 87.42
Sbjct  0      gtgcttnttttccttatgatccagctcttccacgcncncatgaactatgaaacatatataangcgcncnc  69
              |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||| |||| | |
Query  72588  gtgcttcttttccttatgatccagctcttccacgcacaaatgaactatgaaacatatataaagcgcacac  72657

Sbjct  70     at-t-tt-atg  77
              || | || |||
Query  72658  atatatttatg  72668

# polishing(m=400,d=-600,p=30): 64/64, seed_on_end
135 859 84 F 135 0 72651 258 4 97.04
Sbjct  84     cgcncacatatatttatgcatatcaagcttttggtgattatggtattgatagagtcaaattaagctcggt  153
              ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query  72651  cgcacacatatatttatgcatatcaagcttttggtgattatggtattgatagagtcaaattaagctcggt  72720

Sbjct  154    gactatggtattaataagagtactatttccttatctctttgtgaactaaganncatatatatata  218
              |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||
Query  72721  gactatggtattaataagagtactatttccttttctctttgtgaactaagaaacatatatatata  72785

# polishing(m=400,d=-600,p=30): 64/64, seed_on_start, seed_on_end
167 859 84 F 155 0 72651 271 17 89.44
Sbjct  84     cgcncacatatatttatgcatatcaagcttttggtgattatggtattgatagagtcaaattaagctcggt  153
              ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query  72651  cgcacacatatatttatgcatatcaagcttttggtgattatggtattgatagagtcaaattaagctcggt  72720

Sbjct  154    gactatggtattaataagagtactatttccttatctctttgtgaactaaganncatatatatatatatat  223
              |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||   |  ||  | || | | | | ||||
Query  72721  gactatggtattaataagagtactatttccttttctc-tt-tg---t--ga-ac-ta-aga-a-acatat  72778

Sbjct  224    atatataaagcaaacatgttccagaat  250
              |||||||||||||||||||||||||||
Query  72779  atatataaagcaaacatgttccagaat  72805

# polishing(m=400,d=-600,p=30): 64/64, seed_on_end
38 1214 205 F 38 0 77815 76 0 100.00
Sbjct  205    atatatatatatatatatatatatatatatatatatgt  242
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query  77815  atatatatatatatatatatatatatatatatatatgt  77852

36 1214 205 F 37 0 77812 70 1 97.26
Sbjct  205    at-atatatatatatatatatatatatatatatatat  240
              || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query  77812  ataatatatatatatatatatatatatatatatatat  77848

# polishing(m=400,d=-600,p=30): 37/37
36 1214 205 F 35 0 77812 68 1 97.18
Sbjct  205    atatatatatatatatatatatatatatatatatat  240
              ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Query  77812  ata-atatatatatatatatatatatatatatatat  77846

# polishing(m=400,d=-600,p=30): 36/36
34 1214 207 F 33 0 77812 64 1 97.01
Sbjct  207    atatatatatatatatatatatatatatatatat  240
              ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Query  77812  ata-atatatatatatatatatatatatatatat  77844

# polishing(m=400,d=-600,p=30): 34/34
32 1214 209 F 31 0 77812 60 1 96.83
Sbjct  209    atatatatatatatatatatatatatatatat  240
              ||| ||||||||||||||||||||||||||||
Query  77812  ata-atatatatatatatatatatatatatat  77842

# polishing(m=400,d=-600,p=30): 32/32
49 1214 206 F 48 0 77808 70 9 81.44
Sbjct  206    tatatatatatatatatatatatatatatatatatgtctct-tctatacc  254
              || | ||| |||||||||||||||||||||||||| | | | | | ||||
Query  77808  ta-agata-atatatatatatatatatatatatatatatatatatgtacc  77855

# polishing(m=400,d=-600,p=30): 50/50
33 1214 208 F 31 0 77808 55 3 90.62
Sbjct  208    tatatatatatatatatatatatatatatatat  240
              || | ||| ||||||||||||||||||||||||
Query  77808  ta-agata-atatatatatatatatatatatat  77838

# polishing(m=400,d=-600,p=30): 33/33, seed_on_end
43 1214 210 F 42 0 77808 61 8 81.18
Sbjct  210    tatatatatatatatatatatatatatatatgtctct-tctata  252
              || | ||| |||||||||||||||||||||| | | | | ||||
Query  77808  ta-agata-atatatatatatatatatatatatatatatatata  77849

# polishing(m=400,d=-600,p=30): 44/44, seed_on_end
41 1214 212 F 40 0 77808 57 8 80.25
Sbjct  212    tatatatatatatatatatatatatatatgtctct-tctata  252
              || | ||| |||||||||||||||||||| | | | | ||||
Query  77808  ta-agata-atatatatatatatatatatatatatatatata  77847

# polishing(m=400,d=-600,p=30): 42/42, seed_on_end
34 1214 205 F 34 0 77817 68 0 100.00
Sbjct  205    atatatatatatatatatatatatatatatatat  238
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query  77817  atatatatatatatatatatatatatatatatat  77850

35 1214 205 F 35 0 77819 67 1 97.14
Sbjct  205    atatatatatatatatatatatatatatatatata  239
              |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Query  77819  atatatatatatatatatatatatatatatatgta  77853

# polishing(m=400,d=-600,p=30): 35/35
43 859 208 F 39 0 77821 58 8 80.49
Sbjct  208    atatatatatatatatatatataaagcaaacatgttccagaat  250
              ||||||||||||||||||||||| |  | |  ||| ||| |||
Query  77821  atatatatatatatatatatatata-tata--tgtacca-aat  77859

# polishing(m=400,d=-600,p=30): 43/43
33 1214 205 F 33 0 77821 63 1 96.97
Sbjct  205    atatatatatatatatatatatatatatatata  237
              |||||||||||||||||||||||||||||| ||
Query  77821  atatatatatatatatatatatatatatatgta  77853

# polishing(m=400,d=-600,p=30): 33/33
31 1214 205 F 31 0 77823 59 1 96.77
Sbjct  205    atatatatatatatatatatatatatatata  235
              |||||||||||||||||||||||||||| ||
Query  77823  atatatatatatatatatatatatatatgta  77853

# polishing(m=400,d=-600,p=30): 31/31
29 1214 205 F 29 0 77825 55 1 96.55
Sbjct  205    atatatatatatatatatatatatatata  233
              |||||||||||||||||||||||||| ||
Query  77825  atatatatatatatatatatatatatgta  77853

# polishing(m=400,d=-600,p=30): 29/29
113 1361 1 F 108 0 105325 158 21 81.00
Sbjct  1       ttccaantcggggngttttacaanttccatancgggtacttaagntttggnggtncatgccanttaanct  70
               || ||| ||  || | | |||||  | |||| ||||||| ||||  |||| ||| |||| || |||| ||
Query  105325  ttacaaatca-ggag-tatacaag-tacataacgggtac-taag-attggaggt-catg-cagttaagct  105387

Sbjct  71      cattggctggggaacttctgatgacggcgaagattattgg-t-tg  113
               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Query  105388  cattggctggggaacttctgatgacggcgaagattattgggtatg  105432

# polishing(m=400,d=-600,p=30): 64/64, seed_on_end
222 1361 148 F 222 0 105629 435 3 98.65
Sbjct  148     gatggttacttcaagatcaggngaggaacgaacgaatgtggcattgaacagagtnttgtagctggtttac  217
               ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Query  105629  gatggttacttcaagatcaggagaggaacgaacgaatgtggcattgaacagagtgttgtagctggtttac  105698

Sbjct  218     cttcagngaagaacgtatttaaaggtattaccacttcagatgatcttctggtttcctcagtctaaacaag  287
               |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query  105699  cttcagagaagaacgtatttaaaggtattaccacttcagatgatcttctggtttcctcagtctaaacaag  105768

Sbjct  288     acgatgtgtccctacttctgtaatatatcatttgcaactgtgttgtaagtttaatataccattgaaagaa  357
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query  105769  acgatgtgtccctacttctgtaatatatcatttgcaactgtgttgtaagtttaatataccattgaaagaa  105838

Sbjct  358     tcaccttcaatc  369
               ||||||||||||
Query  105839  tcaccttcaatc  105850

# polishing(m=400,d=-600,p=30): 64/64, seed_on_start
222 1361 148 F 222 0 105629 435 3 98.65
Sbjct  148     gatggttacttcaagatcaggngaggaacgaacgaatgtggcattgaacagagtnttgtagctggtttac  217
               ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Query  105629  gatggttacttcaagatcaggagaggaacgaacgaatgtggcattgaacagagtgttgtagctggtttac  105698

Sbjct  218     cttcagngaagaacgtatttaaaggtattaccacttcagatgatcttctggtttcctcagtctaaacaag  287
               |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query  105699  cttcagagaagaacgtatttaaaggtattaccacttcagatgatcttctggtttcctcagtctaaacaag  105768

Sbjct  288     acgatgtgtccctacttctgtaatatatcatttgcaactgtgttgtaagtttaatataccattgaaagaa  357
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query  105769  acgatgtgtccctacttctgtaatatatcatttgcaactgtgttgtaagtttaatataccattgaaagaa  105838

Sbjct  358     tcaccttcaatc  369
               ||||||||||||
Query  105839  tcaccttcaatc  105850

# polishing(m=400,d=-600,p=30): 64/64, seed_on_start
222 1361 148 F 222 0 105629 435 3 98.65
Sbjct  148     gatggttacttcaagatcaggngaggaacgaacgaatgtggcattgaacagagtnttgtagctggtttac  217
               ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Query  105629  gatggttacttcaagatcaggagaggaacgaacgaatgtggcattgaacagagtgttgtagctggtttac  105698

Sbjct  218     cttcagngaagaacgtatttaaaggtattaccacttcagatgatcttctggtttcctcagtctaaacaag  287
               |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query  105699  cttcagagaagaacgtatttaaaggtattaccacttcagatgatcttctggtttcctcagtctaaacaag  105768

Sbjct  288     acgatgtgtccctacttctgtaatatatcatttgcaactgtgttgtaagtttaatataccattgaaagaa  357
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query  105769  acgatgtgtccctacttctgtaatatatcatttgcaactgtgttgtaagtttaatataccattgaaagaa  105838

Sbjct  358     tcaccttcaatc  369
               ||||||||||||
Query  105839  tcaccttcaatc  105850

# polishing(m=400,d=-600,p=30): 64/64
222 1361 148 F 222 0 105629 435 3 98.65
Sbjct  148     gatggttacttcaagatcaggngaggaacgaacgaatgtggcattgaacagagtnttgtagctggtttac  217
               ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Query  105629  gatggttacttcaagatcaggagaggaacgaacgaatgtggcattgaacagagtgttgtagctggtttac  105698

Sbjct  218     cttcagngaagaacgtatttaaaggtattaccacttcagatgatcttctggtttcctcagtctaaacaag  287
               |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query  105699  cttcagagaagaacgtatttaaaggtattaccacttcagatgatcttctggtttcctcagtctaaacaag  105768

Sbjct  288     acgatgtgtccctacttctgtaatatatcatttgcaactgtgttgtaagtttaatataccattgaaagaa  357
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query  105769  acgatgtgtccctacttctgtaatatatcatttgcaactgtgttgtaagtttaatataccattgaaagaa  105838

Sbjct  358     tcaccttcaatc  369
               ||||||||||||
Query  105839  tcaccttcaatc  105850

# polishing(m=400,d=-600,p=30): 64/64, seed_on_end
